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Todos los que uilicemos más de un sistema operativo como Windows Linux o Mac, alguna vez nos ha tocado que copiar archivos en un disco duro y ver la problemática de no poder copiar archivos o solo poder verlos sin editar.

Esto se debe a la diferencia que existe entre los sistemas operativos y las opciones que le permiten manejar los archivos mediante el sistema de archivos

Según wikipedia

El sistema de archivos o sistema de ficheros (en inglés: "filesystem") es el componente del sistema operativo encargado de administrar y facilitar el uso de las memorias periféricas, ya sean secundarias o terciarias. Sus principales funciones son la asignación de espacio a los archivos, la administración del espacio libre y del acceso a los datos resguardados. Estructuran la información guardada en un dispositivo de almacenamiento de datos o unidad de almacenamiento (normalmente un disco duro de una computadora), que luego será representada ya sea textual o gráficamente utilizando un gestor de archivos.La mayoría de los sistemas operativos manejan su propio sistema de archivos.

En pocas palabras nos permite acceder a los archivos y carpetas de un disco duro, estableciendo las rutas de los mismos y su distribucion en el disco.

Durante la historia de la computación han existido y seguirán existiendo infinidad de sistemas de archivos, que dentro de sus características se encuentra la capacidad de almacenamiento, permisos, control de acceso, integridad, cutoas, entre otros.

No existe un mejor sistema de archivos, por lo que se puede emplear el que mejor nos parezca y que sea soportado por el sistema operativo, dejando una batalla entre sistemas de archivos.

FAT32:

Para: Windows, Mac, Linux, consolas de juegos, cualquier dispositivo usb
Pros: Multiplataforma, ligero 
Contras: Limite de archivos de 4GB y particiones de 16TB
Uso: Discos duros

NTFS:

Para: Windows, Mac (sólo lectura), Linux (sólo lectura), Microsoft Xbox One
Pros: inagotable limite de particiones y archivos 
Contras: Poco compatible fuera de sistemas windows 
Uso: Recomendable para discos duros internos  e instalaciones de windows

Si deseas utilizarlo como lectura escritura debes usar
https://sourceforge.net/projects/ntfs-3g/

exFAT:

Para: Windows XP y anteriores, Mac OSX, Linux (con FUSE), Android
Pros: Una mezcla de FAT32 y NTFS
Contras: Microsoft restringe su uso
Uso: Discos duros externos, memorias usb


Con esto podemos ver que su uso según el sistema operativo te permite utilizarlo o se requiere instalar sistemas de archivos adicionales.

http://fossbytes.com/fat32-vs-ntfs-vs-exfat-difference-three-file-systems/